提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
【寻味中华】老北京涮羊肉:一锅清汤涮百年******
中新社北京2月2日电 题:老北京涮羊肉:一锅清汤涮百年
中新社记者 陈杭 杜燕
一锅热气腾腾的老北京涮羊肉,堪称京城冬日最暖的陪伴。
涮羊肉又称羊肉火锅,一般认为始于元代,兴于清代。清末学者徐凌霄在《旧都百话》中将这种“羊肉锅子”的吃法归于北方游牧遗风进化而来。
与汤底红亮、麻辣鲜香的川渝火锅不同,作为北派火锅的代表,老北京涮羊肉主打清汤火锅。“清汤火锅不是一锅白开水,里边有海米、葱花、姜片、口蘑汤等底料。”国家级非遗技艺第四代传承人陈立新告诉记者,清汤火锅有两个特点,一是能吃到羊肉的本来滋味,二是不遮丑,羊肉有问题一口就能吃出来。
图为东来顺铜锅涮肉。陈杭摄越是简单的汤底,越考验羊肉的选材。据陈立新介绍,正宗老北京涮羊肉多选用内蒙古羊,“只选用羊上脑、大三叉、小三叉、黄瓜条与磨裆5个部位,占整羊净肉的四成左右”。
“黄瓜条”指羊后腿的大腿内侧部分,因形如两条相连的黄瓜而得名。北京民俗专家翟鸿起在《老饕说吃》中曾提到,他与老友去饭店吃涮肉时点了一盘“黄瓜条”,没想到却端上来一盘真黄瓜,翟老无奈感叹如今许多餐厅都是机器切卷,“谁还剔那肉去?更甭说黄瓜条了”。
开业于1854年的正阳楼饭庄可谓北京早年间最著名的“羊肉名家”,据清代《旧京琐记》记载,“肉市之正阳楼,以善切羊肉名。片薄如纸,无一不完整”。“后来居上”的东来顺始建于1903年,据说曾重金从正阳楼饭庄“挖”来一位刀功精湛的名厨,帮工传艺。
陈立新1971年进入东来顺做学徒,手切羊肉的功夫已有50余年。“左手控制肉片薄厚,右手握刀,横断丝,切出来的肉片纤维短,厚0.9毫米,入锅后一涮即熟,入口即化。”陈立新说,“手切羊肉还要求上下垂直,前后走直线,保证肉片薄厚均匀、排列整齐,每片长15厘米、宽3.3厘米,放在青花瓷盘上隐约可见盘底花纹。”
图为东来顺铜锅涮肉菜品。陈杭摄涮羊肉“一菜成席”,调料必不可少。以麻酱、酱油为主,韭菜花、酱豆腐为辅,虾油、料酒少许,辣椒油可自行添加,配腌好的糖蒜解腻。
羊肉吃到六分饱,辅料登场。作为涮羊肉的好搭档,冻豆腐吸满汤汁和羊肉的鲜香,大白菜烫后清香爽口、解腻增食,配上刚出炉的混着芝麻香的烧饼,舀上一小碗汩汩翻滚的羊汤,一口吞下整个冬季的温暖。
提到八岁时第一次吃涮羊肉的场景,北京市民贾先生印象深刻,“那时冬季物资不丰富,吃涮羊肉还是很奢侈的”,与亲人围坐铜锅旁,看着服务员添加了高高的烟囱,碳烧得通红,一个人就吃了三盘涮羊肉,味道鲜美至极。工作后,贾先生总是在国庆或春节期间约朋友吃一顿涮羊肉,热乎喜庆的气氛就像除夕一样。
一锅清汤涮百年。面对日新月异的市场环境,承载情感与味觉记忆的老字号既要留住“老味道”,亦不断向年轻人靠拢。“东来顺打造全新IP形象,发布了由‘来来羊’‘铜锅爷爷’和‘糖蒜狗’组成的‘馋嘴家族’。”东来顺集团副总经理董锴介绍说,在传统火锅堂食基础上,东来顺开发了肉片、肉串、熟食、面点等预包装产品,进入商超、市场、电商平台等,让老字号产品真正走向寻常百姓家。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |